نام اصلی کتاب : Molecular Biotechnology (Principles and applications of recombinant DNA)
نویسنده : Bernard R. Glick , Jack J. Pasternak ,Cheryl L. Patten
تعداد صفحات : 1020
فرمت : ZIP_PDF
حجم : 7.04 مگابایت
لینک فروش کتاب در امازون : AMAZON
قیمت این کتاب در امازون : 106 دلار
موضوع فارسی:همگرایی و تکرارپذیری در شبیه سازی دینامیک مولکولی از دوبلکس
موضوع انگلیسی :<!--StartFragment -->
Convergence and reproducibility in molecular dynamics simulations of the DNA duplex d
تعداد صفحه :18
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2015
زبان مقاله : انگلیسی
سابقه و هدف: ساختار و دینامیک DNA انتقادی به عملکرد آن مربوط می شود. شبیه سازی دینامیک مولکولی تقویت آزمایش با ارائه اطلاعات دقیق در مورد حرکات اتمی است. با این حال، تا به امروز شبیه سازی به اندازه کافی طولانی برای همگرایی پویایی و خواص ساختاری DNA نبوده است. مواد و روش ها: شبیه سازی دینامیک مولکولی با کهربا با استفاده از ff99SB نیروی میدانی با parmbsc0 مودی کاتیونهای فی، از جمله گروه شبیه سازی مستقل انجام، به زمانبندی دینامیک مولکولی طولانی با تخصصی موتور آنتون MD در ساختار B-DNA د (GCACGAACGAACGAACGC) انجام شد. برای ارزیابی همگرایی، زوال ارزش RMSD طور متوسط بیش از فواصل زمانی طولانی تر و طولانی علاوه بر ارزیابی همگرایی پویایی از طریق واگرایی کولبک-لیبلر اصل نمودار هیستوگرام جزء طرح بررسی شد.
نتایج: این شبیه سازی دینامیک مولکولی از جمله یکی از طولانی ترین شبیه سازی از DNA در به روز منتشر شده ~ 44 میکرو ثانیه، جای تعجب نشان می دهد که ساختار و دینامیک مارپیچ DNA را، غفلت از جفت ترمینال، اساسا به طور کامل در ~ 1- همگرا 5 میکرو ثانیه زمانبندی.
نتیجهگیری: ما هم اکنون می توانید reproducibly همگرا ساختار و پویایی مارپیچ B-DNA، حذف جفت ترمینال، در مقیاس میکرو ثانیه زمان با هر دو کهربا و CHARMM C36 اسید نوکلئیک زمینه نیروی Fi است. نمایش نتایج: از گروه مستقل از شبیه سازی با شروع از شرایط مختلف اولیه، هنگامی که جمع آوری شده، مطابقت با نتایج حاصل از شبیه سازی زمانبندی طولانی بر روی موتور تخصصی آنتون MD.
عمومی قابل cance فی: با دسترسی به منابع GPU در مقیاس بزرگ و یا موتور MD تخصصی «آنتون» آن را برای انواع سیستم های مولکولی به reproducibly و قابل اعتماد همگرا مجموعه ساختاری سازه نمونه امکان پذیر است. پیشرفت های اخیر در دینامیک مولکولی: این مقاله بخشی از یک موضوع خاص تحت عنوان است.
© 2014 نویسندگان. منتشر شده توسط الزویر B.V. این یک مقاله با دسترسی آزاد تحت CC BY-NC-SA مجوز
(http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/).
موضوع فارسی :شبیه سازی دینامیک مولکولی از غشاهای زیستی و پروتئین های غشای با استفاده از الگوریتم نمونه کنفورماسیونی افزایش
موضوع انگلیسی :<!--StartFragment -->
Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms☆
تعداد صفحه :17
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2015
زبان مقاله : انگلیسی
در این مقاله روش های مختلف افزایش یافته نمونه ساختاری و مدل های حلال / غشاء صریح و روشن / ضمنی، و همچنین برنامه های اخیر خود را به کاوش در ساختار و دینامیک غشاء و پروتئین های غشای. شبیه سازی دینامیک مولکولی تبدیل به یک ابزار ضروری برای بررسی مشکلات بیولوژیکی و موفقیت خود را متکی بر مدلهای مولکولی مناسب همراه با EF فی کافی روش های نمونه گیری ساختاری. نمایندگی ضمنی از محیط حلال / غشاء تقریب منطقی به مدل تمام اتم صریح و روشن، توجه به تعادل هزینه های محاسباتی و دقت شبیه سازی است. مدل های ضمنی می تواند به راحتی با ماکت تبادل روش دینامیک مولکولی ترکیب برای کشف یک فضای ساختاری گسترده تر از یک پروتئین است. سایر مدل مولکولی و روش های نمونه گیری ساختاری افزایش نیز بهاختصار مورد بحث است. به عنوان نمونه برنامه، ما مطالعات شبیه سازی اخیر glycophorin A، فسفات-lamban، پروتئین پیش ساز آمیلوئید، و دو لایه لیپیدی مخلوط معرفی و بحث در مورد دقت و بهره وری از هر مدل شبیه سازی و روش. پروتئین غشایی: این مقاله بخشی از یک موضوع خاص تحت عنوان است. ویراستاران مهمان: J.C. Gumbart و سرگئی نوسکوف.
© 2015 منتشر شده توسط الزویر B.V.
نام اصلی کتاب : Biochemistry, cell and Molecular Biology test
جمع اوری شده از امتحانات
تعداد صفحات : 66
فرمت : zip_pdf
حجم : 1.23 مگابایت
لینک فروش کتاب در امازون : AMAZON
قیمت این کتاب در امازون : 54 دلار
تاکنون روش‌های محاسباتی بسیاری برای حل مسائل شیمی ابداع شده است. این روش‌ها از قوانین مکانیک کوانتوم، مکانیک کلاسیک و یا ترکیبی از آنها برای حل مسائل استفاده می‌کنند. انتخاب روش مناسب برای انجام محاسبات به نوع و بزرگی ساختار مورد مطالعه و همچنین نوع اطلاعاتی که مورد نیاز است بستگی دارد. اغلب این روش‌ها را می‌توان به صورت زیر طبقه‌بندی کرد:
روش‌های شیمی محاسباتی
روش‌های مکانیک مولکولی
روش‌های ساختار الکترونی
روش‌های نیمه تجربی
روش‌های از آغاز
روش‌های نظریه تابع تابع
روش‌های شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک
شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کوانتومی
روش بورن اپنهایمر