نرم افزار ISIS Draw یکی از کم حجم ترین و سریع ترین نرم افزارهای رسم و چاپ ساختارهای ملکولی در شیمی معدنی و آلی میباشد .
یکی از معضلات اکثر علاقمندان و دانش پژوهان رشته شیمی مخصوصا به هنگام آماده سازی تحقیق ، مقاله و یا پایان نامه های درسی ، رسم شکلهای پیچیده ملکولی و اضافه کردن آن به سایر قسمتهای مورد نظر میباشد .
در تقریبا اکثر برنامه های گرافیکی و طراحی عادی توانایی رسم چنین اشکالی اگر ممکن باشد بسیار دشوار و مستلزم صرف زمان زیاد و به کار بردن دقت کافی میباشد.
نرم افزار ISIS Draw علاوه بر طرح ساختمانهای بنیادی در شیمی آلی دارای کتابخانه گسترده ای از مواد و ساختارهای پایه شامل موارد زیر میباشد :
Alpha Sugars – Amino Acids – Aromatics – Arrows – Bases – Beta-D-Sugars – Bicyclics – Carbonyls – Chains – Crown Ethers – D-Sugars – Down L-Amino Acids – Functional Groups – Fused Rings – Heterocyclic Rings – L-Amino Acids – More Rings – Nitrogen – Orbitals – Phosphorus – Polycyclics – Rings – Up L-Amino Acids
در این نرم افزار از بسیاری از فرمتهای رایج در میان نرم افزارهای شیمی پشتیبانی گردیده است نظیر CPSS Rxnfile ،
Rxnfile ، REACCS Rxnfile ، TGFfile
و نکته جالب اینکه امکان ترسیم سه بعدی نیز در نرم افزاری با این حجم البته به صورت محدود موجود میباشد .
بر خلاف اکثر نرم افزارهای طراحی مهندسی این نرم افزار داری حجم کم و سرعت بالا میباشد.
نگاه کلی به برخی از امکانات ISISDraw 2.5
رسم ساختارها با استفاده از template tools و template pages:
برای رسم مولکول میتوانید از نوار ابزار template tools استفاده کنید:در این نوار ابزار، تعدادی از قالبهای آماده مشاهده می شود که برای انتخاب هر کدام روی آن کلیک کنید، سپس:
۱- برای قرار دادن قالب در یک جای خالی، روی آن نقطه از صفحه کلیک کنید.
۲- برای جوش دادن قالب به یک پیوند موجود، روی آن پیوند کلیک کنید.
۳- و برای اتصال آن با یک پیوند ساده به یک اتم موجود، روی آن اتم کلیک کنید.
رسم پیوندها و زنجیرها:
برای رسم یک پیوند، روی یکی از ابزارهای پیوند مانند یا در نوار ابزار عمودی کلیک کنید و پیوند را در جای مورد نظرتان قرار دهید.
برخی از آیکونهای نوار ابزار عمودی دارای فلش کوچکی در گوشه خود هستند. با کلیک روی اینگونه ابزارها و نگهداشتن کلید ماوس، ابزارهای دیگری نیز در اختیار شما قرار میگیرد. مثلاً می توانید بدینوسیله پیوندهای دوگانه و سهگانه و… را رسم کنید:
برای تغییر نوع پیوندی که قبلا رسم شده است، از نوار ابزار نوع پیوند مورد نظر خود را انتخاب کرده و روی پیوند موجود کلیک کنید.
برای رسم زنجیر کربنی بر روی ابزار کلیک کرده و سپس در محل مورد نظر کلیک کرده و موس را بکشید تا طول زنجیر به مقدار موردنظر برسد.
برای پاک کردن قسمتی از ساختا ر رسم شده از ابزار پاک کن استفاده کنید.
مشخصکردن نماد اتمها:
برای قرار دادن یک اتم در جای مشخصی از صفحه، ابزار را انتخاب کرده ودر جای مورد نظر کلیک کنید. آنگاه نام اتم را وارد کنید و کلید اینتر را بزنید.
برای درج بار اتم کافی پس از نوشتن علامت شیمیایی اتم بار آن را بنویسیم و خود برنامه آن را بهطور خودکار تصحیح میکند. مثلاً اگر بنویسیم +Ca2 خودبهخود به +Ca2 تبدیل میشود.
برای درج ایزوتوپ، کافی است قبل از علامت عنصر، عدد جرمی آن را بنویسیم. مثلاً: ۱۶O
در مولکولی که رسم کردهاید، اگر نام عنصری درج نشده باشد، کربن در نظر گرفته میشود. H ها نیز بهطور پیشفرض نشان داده نمیشوند برای اینکه Hهای روی یک اتم نشان داده شوند، بر روی آن اتم کلیک کرده و Object > Edit Atom را انتخاب کنید و قسمت Hydrogens را از حالت off خارج کنید. ( برای انتخاب یک اتم یا پیوند یا مولکول از ابزار Select در بالای نوار ابزار عمودی استفاده میکنیم.)
کنترل نهایی:
بعد از رسم مولکول برای اینکه از صحیح بودن ساختار خود از لحاظ شیمیایی مطمئن شوید، میتوانید در نوار ابزار افقی از آیکون Chem Inspector استفاده کنید. اگر اشکالی در مولکول وجود داشته باشد در این قسمت به شما تذکر داده میشود.
برای اینکه مولکول دارای طول پیوند و زوایای پیوندی یکنواختی شود، مولکول را با ابزار Select انتخاب کنید و پس از آن Object > Clean Molecule را از نوار منو انتخاب کنید.
برای استفاده از مولکول طراحی شده، در نرم افزار های دیگر مانند Word، میتوانید با کشیدن ابزار Select به دور آن، آن را انتخاب کرده و پس از کپیکردن، در برنامه مورد نظرتان Paste کنید.
مشاهده مولکول به صورت سه بعدی:
مولکولی را که طراحی کردهاید می توانید بهصورت مدلهای مختلف سه بعدی نیز مشاهده کنید. برای این کار کافی است View Molecule in RasMol را از منوی Chemistry انتخاب کنید. در پنجره باز شده از منوی Display نوع مدل موردنظر را انتخاب کنید. مثلاً گلوله و میله یا فضا پرکن یا … . حال میتوانید با موس مولکول را در فضا بچرخانید.
برای راهنمایی بیشتر در مورد امکانات نرم افزار، کلید F1 را فشار دهید و سپس Using ISIS/Draw را انتخاب کنید.
نرم افزار ISIS Draw